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涵盖的大学不一样：全国重点大学除了“211”工程院校之外，还包括了双一流、省部共建的大学，它所涵盖的大学数量上要多一些。
建设的时间不一样：全国重点大学前后于1954年建设六所、1959年建设十六所、六十年代扩充68所（包括1960年64所、1963年增加3所、1963年增加1所）1978年建设88所。211工程则于1995年11月经国务院批准后正式启动。